A paleozoológiai gyűjtemény kisebb részben paleo- és mezozoikumi eredetű. Annak ellenére azonban, hogy e maradványok a gyűjteménynek csak viszonylag csekély részét teszik ki, ezek között találhatók az intézmény legértékesebb kövületei, a Komlosaurus lábnyom-fosszíliái. Hazánk elsőként felfedezet dinoszauruszának megkövült lábnyomai a komlói és pécsi kőszénbányákból kerültek elő. A lábnyomokat Kordos László professzor új fajként írta le Komlosaurus carbonis néven - mely név Komló városára, illetve a mecseki szénre utal. E maradványok köré szervezve, intézményünkben 2017-ben nyílt meg "A mecseki Jurassic Park és a Komlosaurus" c. állandó kiállításunk.
A Komlosaurus carbonis lábnyoma
A paleozoológiai gyűjtemény nagyobb részben azonban különféle harmadidőszaki fosszília-anyagból tevődik össze. Túlnyomó többségében miocén kori (mintegy 8-17 millió éves) csontok, csonttöredékek, különféle puhatestűek és lenyomatok találhatóak a gyűjteményben, melyek elsősorban a Pécs melletti Danitz-puszta homokbányájából származnak. Kiemelendők még a Hosszúhetényből származó, miocén-bádeni korallzátony maradványai (korallok, csigák, kagylók, halmaradványok, stb.) is. Az ezekről a lelőhelyekről származó anyagok fáradhatatlan gyűjtője Kanizsai László önkéntesünk.
A Danitz-pusztai homokbánya fosszíliái:
Kanizsai László 2003-tól kezdve végez rendszeres leletmentő gyűjtéseket a Danitz-pusztai homokbányában. Az itt fellelhető ősmaradványok jelentősége abban áll, hogy a miocén kori Ős-Mecsek – és ezzel együtt a mai Komló – területén mintegy 8-17 millió évvel ezelőtt élt szárazföldi gerinces fauna, illetve az Ős-Mecsek-hegységet körülölelő Paratethys-tenger gerinces élővilágának maradványait (esetenként gerincteleneket is) egyaránt tartalmazza. Az ilyen nagy mennyiségű fosszília-együttesek előfordulása igen ritka, a Danitz-pusztai homokbánya ezért igen fontos lelőhelynek tekinthető. A bánya területén korábban egy ősi folyó befolyása feltételezhetően áthalmozta, koptatta, tovább görgette, széttördelte és végül a mai lelőhelyükön lerakta a korábban már anoxikus közegbe beágyazott és fosszilizálódott vázelemeket. Az innen származó leletek ezért sajnos gyakran töredékesek és koptatottak.
A bánya mindezek ellenére a közeljövőben azonban sajnos bezárásra és rekultiválásra kerül, így a későbbiekben már nem lehet hozzáférni az itt még esetlegesen feltáratlan ősmaradványokhoz. Ez azért is sajnálatos, mert az itt feltárt maradványok mind fontos információval szolgálnak a Mecsek és a környező tenger 8-17 millió évvel ezelőtti faunáját illetően. Magyar Imre professzor úr a komlói gyűjtemény puhatestűi (Mollusca) alapján a közelmúltban új kort határozott meg a Danitz-pusztai homok lerakódásával kapcsolatban. A gyűjteményt a Pécsi Tudományegyetem hallgatói és oktatói is rendszeresen felkeresik, legtöbbször Sebe Krisztina egyetemi adjunktus vezetésével. A gazdag kollekció rendszeresen szolgál egyetemi szakdolgozatok és tudományos publikációk alapjául.
A Komlói Helytörténeti és Természettudományi Gyűjteményben őrzött Danitz-pusztai leletanyag minden bizonnyal a tudomány számára új, eddig még le nem írt taxonok vázelemeit is tartalmazza. Ezek pontos meghatározásához és leírásához természetesen minden esetben specialistára van szükség. Mindezeken túl biztonsággal kijelenthető, hogy a mai Komló területén a miocénben a következő fajok éltek: Aceratherium incisivum (szarvatlan ős-orrszarvú), Procapreolus loczyi (ősi őz-féle), Tetralophodon és Deinotherium (ős-ormányosok), Chalicotherium (lógorilla), Hippotherium primigenium (ősló), Korynochoerus és Microstonyx (disznó-félék), Testudo (szárazföldi teknős-féle), Trionyx (lágyhéjú teknős-féle), Potamotherium (ős-vidra), Tapirus (két tapír faj), Amphicyon (medvekutya), hiéna- és eddig ismeretlen krokodil fajok. A tengeri faunából a következő fajokat sikerült eddig kimutatni: Odontoceti sp. (fogascet-féle), Acrodelphis letochae (ősbálna), Pachyacanthus suessi, Delphinoidea indet. (delfin-féle), Atocetus fuchsii, Kentriodontidae sp. (ez a Kovácsszénáján 1992-ben megtalált új, eddig ismeretlen delfin faj) és több különböző sziláscet (Mysticeti) faj. Végül fontos megemlíteni az itt talált fóka kövületeket is. Az első ép humerust (felkarcsont) Evanics Zoltán találta meg, amit Kordos László professzor úr vizsgált meg részletesen. A Washingtonban található maradványokkal összevetve kijelenthető, hogy a Praepusa nemzetség egy új fajáról van szó. Valószínűsíthető, hogy az itt fellelhető fóka-maradványok sokkal ősibb alakokat képviselnek, mint a világ más pontjairól származó fosszíliák. Mindez pedig megalapozottan irányozza elő azt a feltevést, hogy az első fókák itt, a Kárpát-medence területén alakulhattak ki.
Ostrea gigantea (óriás osztriga) Magyaregregyről
Szintén egy kisebb részét teszi ki a gyűjteménynek a pleisztocén leletanyag. Ennek legfontosabb részei az 1956-1957-ben a kenderföldi iskola építése közben felfedezett mamutlelet. Az építkezés szoros határideje miatt sajnos nem volt lehetőség a mamutmaradványok teljes és szakszerű feltárására, így gyűjteményünkben is csupán egy agyar, combcsont és néhány őrlőfog képviseli a szenzációs leletet, ugyanakkor a többi előkerült maradvány sorsáról sajnos nincs érdemi információnk. A komlói mamut mellett a gyűjteményben számos pleisztocén kori ősállat csontja, ill. csonttöredéke is megtalálható, melyek elsősorban a Duna- és a Dráva-menti kavicsbányákból kerültek elő.
Déli mamut (Mammuthus merdionalis) őrlőfog